生物質鍋爐跟一般鍋爐一樣，用的時間長便會發生水垢。水垢的危害或是不容小視的，先是耗費燃料，降低鍋爐熱效率，鍋爐結有水垢時，使鍋爐受熱面的導熱特點降低，燃料引燃所施放的熱值不能傳輸到鍋爐水中，許多的熱值被粉塵帶去，造成排風系統溫度升高，排風系統熱危害提高，鍋爐的熱效率降低。

其次，傷害鍋爐安全系數運行，鍋爐水垢常常產生在熱負荷很高的鍋爐受熱表層。因水垢熱傳導特性很差，導致金屬復合材料壁厚一部分溫度極大地升高。當溫度超出了金屬所能擔負的允許溫度時。金屬復合材料因過熱而應力松弛，抗拉強度降低，在鍋爐工作壓力下，金屬復合材料會發生起包，破孔和開裂，傷害生物質鍋爐安全系數運行。而且水垢會降低鍋爐負荷；鍋爐結垢后，由于傳熱性降低，要達鍋爐額定電流年降水量或額定電流產熱值，務必多消耗燃料。但隨著著結垢厚薄的提高，以及爐內容量的井式爐占地面積是固定不變的，燃料消耗受到限制，因此鍋爐的負荷便會降低。